Struktur organisasi AT-AUB Surakarta dirancang sesuai dengan standar yang berlaku pada perguruan tinggi sebagaimana tersebut dalam Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 1999 tentang yaitu menyiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan dan professional yang dapat menerapkan, mengembangkan, menciptakan ilmu pengetahuan, teknologi dan atau kesenian serta mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan, teknologi, kesenian serta mengupayakan penggunaan untuk meningkatkan taraf hidup masyarakat dan memperkaya kebudayaan nasional. Keberadaan unit-unit pelaksana teknis dan unit penunjang lainnya dalam organisasi juga mempertimbangkan aspek-aspek sumber daya yang dimiliki oleh YKDP Surakarta, sehingga tugas dan wewenang akan berjalan dan terkoordinasi dengan baik dan sinergi antar elemen yang terkait.